Barra Honda posee una red de cavernas de formación calcarea, las cuales han sido exploradas en un 50% por científicos y espeleólogos. En la actualidad, sólo la caverna Terciopelo está abierta al público, ya que presenta condiciones adecuadas para el descenso de visitantes no experimentados y es ideal para el turismo de aventura.
Las especies más comunes de árboles en la zona son el jobo, el ron-ron, el tempisque, el ojoche, el peine de mico, el madroóo, el guácimo, el laurel, el indio desnudo, el guachipelín, la soncora el panamá, el cenizaro, el guanacaste entre otros.
La cueva Terciopelo, contiene algunas de las formaciones más raras
encontradas. Para entrar a esta sima se requiere hacer un descenso vertical de 30 mts. y
luego bajar por una pendiente suave llena de formaciones masivas de estalactitas
y estalagmitas, hasta una sala grande de singular belleza.
En la entrada de la caverna se os entregó un arnes para rapel y un casco que se utilizan como seguridad para el descenso por una escalera de alumnio.
El cerro Barra Honda, de unos 300 metros de altura, está constituido por calizas de tipo arrecifal, es decir, por antiguos arrecifes que emergieron debido a un sobrelevantamiento provocado por fallas tectónicas, desarrollados hace unos 60 millones de años.
En esta área los principales habitantes son monos, coyotes,
culebras y otros reptiles, que han desarrollado adaptaciones para el clima
caliente y húmedo de esta área en particular.
En esta caverna de piedra caliza hay espeleotemas, perlas, rosas, agujas, formaciones ovaladas, cortinas, desniveles, estalactitas, estalagmitas.
Desde el mirador de Nacaome se observan espectaculares vistas del Golfo de Nicoya y del valle del tempisque.
